[BioC] Reading flag data from Agilent files

[Giovanni Coppola]

Hello Frederic,
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1822/
Best
Giovanni


On May 19, 2006, at 8:27 AM, Frederic Capel wrote:

> Cher Monsieur,  je viens demander un peu d'aide sur l'utilisation du
> package Limma: j'espère que vous allez pouvoir m'aider!
> je suis tombé sur une question ancienne relative au flag de spots  
> lorsque
> Limma est utilisé pour traiter des data issues de F extraction  
> d'agilent,
> j'ai un souci comparable à celui que vous aviez: je n'arrive pas à  
> gérer
> les flags: pouvez vous me renseigner sur la commande à introduire ?  
> dans
> mon objet Rg je n'ai pas de weight, ce qui était le cas lorsque je
> travaillais avec Genepix et des .gpr
> Merci par avance
>
> mon script préliminaire sans fonction pour les flags car rien ne  
> marche:
> targets<- readTargets("target1.txt",row.names="Slide number")
> RG <-read.maimages(targets$FileName,source="agilent")
> #Read 251239140435.txt
> #Read 251239140486.txt
> #Read 251239140436.txt
> #Read 251239140487.txt
> #Read 251239140465.txt
> #Read 251239140534.txt
> #Read 251239140537.txt
> #Read 251239140460.txt
> #Read 251239140539.txt
> #Read 251239140484.txt
> #Read 251239143844.txt
> #Read 251239140540.txt
>
> names(RG)
> #[1] "G"       "Gb"      "R"       "Rb"      "targets" "genes"    
> "source"
> names(RG$genes)
> #[1] "Row"            "Col"            "ProbeUID"       "ControlType"
> #[5] "ProbeName"      "GeneName"       "SystematicName" "Description"
>
>
>
>
> Votre message était:
> Hi list,
>
> does somebody here knows if there's a function in the
> Bioconductor packages for reading flags data (feature
> saturation, non uniformity, etc...) or other kind of
> data from Agilent files (from Feature Extraction
> software). I used read.Agilent(marray) but it doesn't
> read other data that Fg and Bg intensities, wrong ? Or
> is there something to do with the '... further
> arguments to scan(base)' ?
>
>
>
>
>
> Frederic Capel, Ph D
> PostDoc
> INSERM U586, Obesity Research Unit
> IFR31, Institut Louis Bugnard, BP 84225
> 31432 TOULOUSE Cedex 4
> Frederic.Capel at toulouse.inserm.fr
> 	[[alternative HTML version deleted]]
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