[BioC] Dye bias adjustment of Illumina Infinium Methylation data

[Shi, Tao]

> I don't know the details of the Illumina platform and  protocols, but if the 
> same premises apply, GASSCO should be able to address  dyebias problems, also 
> across different batches. I'd be interested to find  out, so if you need help, 

> feel free to contact me. 

Hi Philip,

The Illumina Infinium platform is not the same as cDNA microarray.  For a given 
methylation locus, methylated and unmethylated signals are always coming from 
the same channel, whereas in cDNA array, for each probe, the signals for sample 
and control are from two different channels.

...Tao




> 
> Regards,
>                                                                           
>Philip
> 
> -- 
> Philip Lijnzaad,  PhD
> Holstege Genomics Laboratory
> Dept. of Molecular Cancer  Research
> University Medical Center (UMC), Utrecht
> Stratenum room 3.137 (on  Tuesdays and Thursdays not in after 15.00)
> MSN chat (*NOT* email): philip_lijnzaad at hotmail.com
> P.O.  Box 85060, 3508 AB Utrecht
> (Universiteitsweg 100, 3584 CG Utrecht)
> The  Netherlands
> tel: +31 (0)8875 68464
> fax: +31 (0)8875  68479
> 
> ------------------------------------------------------------------------------
> 
> De  informatie opgenomen in dit bericht kan vertrouwelijk zijn en is
> uitsluitend  bestemd voor de geadresseerde. Indien u dit bericht onterecht
> ontvangt, wordt  u verzocht de inhoud niet te gebruiken en de afzender direct
> te informeren  door het bericht te retourneren. Het Universitair Medisch
> Centrum Utrecht is  een publiekrechtelijke rechtspersoon in de zin van de 
>W.H.W.
> (Wet Hoger  Onderwijs en Wetenschappelijk Onderzoek) en staat geregistreerd 
bij
> de Kamer  van Koophandel voor Midden-Nederland onder nr. 30244197.
> 
> Denk s.v.p aan  het milieu voor u deze e-mail  afdrukt.
> 
> ------------------------------------------------------------------------------
> 
> This  message may contain confidential information and  is...{{dropped:8}}
> 
> _______________________________________________
> Bioconductor  mailing list
> Bioconductor at stat.math.ethz.ch
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/bioconductor
> Search the archives:  
>http://news.gmane.org/gmane.science.biology.informatics.conductor
>