
<html>

The problem remains, but I have added a few lines of code that were

missing in the original posting.<br><br>

I have just run limma and am getting p-values after eBayes that are

smaller than the p-values before, leading to 100% of my genes being

declared significant at any value of FDR you care to use.&nbsp; 

<br><br>

The design is a 1-way ANOVA with 6 treatments and 2 reps/treatment (which

I know is not great but ...)<br><br>

I thought that the denominator adjustment would make the posterior

sigma^2 &gt; unadjusted MSE,&nbsp; but this is not the case.&nbsp; Here

are the commands I used to fit the model and do the ebayes

adjustment.&nbsp;&nbsp; <br><br>

<font face="Arial, Helvetica" color="#800080">design=model.matrix(~-1+factor(c(1,1,2,2,3,3,4,4,5,5,6,6)))<br>

colnames(design)=c(“trt1”,”trt2”,”trt3”,”trt4”,”trt5”,”trt6”)<br><br>

fitRMA=lmFit(RMAdata,design)<br><br>

</font>contrast.matrix<br><br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c1 c2 c3 c4 c5<br>

trt1&nbsp; 1&nbsp; 1  1&nbsp; 1  1<br>

trt2 -1&nbsp; 1  1&nbsp; 1  1<br>

trt3&nbsp; 0 -2&nbsp; 1&nbsp; 1  1<br>

trt4&nbsp; 0&nbsp; 0 -3&nbsp; 1&nbsp; 1<br>

trt5&nbsp; 0&nbsp; 0  0 -5&nbsp; 1<br>

trt6&nbsp; 0&nbsp; 0  0&nbsp; 0 -5<br><br>

<font face="Arial, Helvetica" color="#800080">fitCont=contrasts.fit(fitRMA,contrast.matrix)<br>

fitAdj=eBayes(fitCont)<br><br>

</font>ls.print(lsfit(fitRMA$sigma^2,fitAdj$s2.post))<br>

Residual Standard Error=0<br>

R-Square=1<br>

F-statistic (df=1, 22744)=1.632754e+35<br>

p-value=0<br><br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Estimate

Std.Err&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; t-value Pr(&gt;|t|)<br>

Intercept&nbsp;&nbsp; 0.0093&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0

1.026963e+17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.5628&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0

4.040735e+17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br><br>

<font color="#800080">mean(fitAdj$s2.post)<br>

</font>[1] 0.02991697<br><br>

<font color="#800080">mean(fitRMA$sigma^2)<br>

</font>[1] 0.03656270<br><br>

<font color="#800080">fitAdj$s2.prior<br>

</font>[1] 0.02136298<br><br>

<br>

<x-sigsep><p></x-sigsep>

Naomi S.

Altman&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

814-865-3791 (voice) <br>

Associate Professor <br>

Bioinformatics Consulting Center<br>

Dept. of

Statistics&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

814-863-7114 (fax) <br>

Penn State

University&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

814-865-1348 (Statistics) <br>

University Park, PA 16802-2111<br><br>

Naomi S.

Altman&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

814-865-3791 (voice) <br>

Associate Professor <br>

Bioinformatics Consulting Center<br>

Dept. of

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814-863-7114 (fax) <br>

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814-865-1348 (Statistics) <br>

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