<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.0.6556.0">
<TITLE>heatmaps and pearson correlation</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/rtf format -->

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Hello,</FONT>
</P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">I'm trying to construct a heatmap by clustering two dimensions (genes, treatments) using pearson correlation for both the distances (1 - correlation). Unfortinately the hclust and dist methods don't provide the pearson as a metric for distances (is there any reason for this?).</FONT></P>

<P><FONT SIZE=2 FACE="Arial">Has anyone a hint on how to make hclust and heatmap to cluster both dimensions via pearson correlation?</FONT>
</P>

<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT SIZE=2 FACE="Arial">thanks a lot for help,</FONT>
</P>

<P>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT SIZE=2 FACE="Arial">Arne</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>