[R] replace repeated id in a pedigree list
arun
smartpink111 at yahoo.com
Tue Oct 30 17:50:57 CET 2012
Hi Roberta,
From your reply, I understand that you want to replace the repeated ID from "ID" column with new ID and that new ID should be also given to FAID. But, if I take the columns individually, there are still lots of repeats for "FAID" and "MOID". Do you want to replace the repeats in those columns too?
Here, I am replacing the repeats in "ID" column and assigning a new ID which was not found in the entire file.
source("Pedigree.txt")
head(dat1)
dat2<-dat1[duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE),]
dat3<-dat2[order(dat2$ID),]
dat4<-dat3[duplicated(dat3$ID),]
dat4$ID<-sample(1000:2000,144,replace=FALSE)
dat4$FAID<-dat4$ID
dat5<-with(dat2,aggregate(dat2,by=list(ID=ID),head,1))
dat5<-dat5[,-1]
dat6<-dat1[!(duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE)),]
sum(nrow(dat6),nrow(dat4),nrow(dat5))
#[1] 1107
nrow(dat1)
#[1] 1107
res1<-rbind(dat4,dat5,dat6)
res2<-res1[order(res1[,1],res1[,2]),]
any(duplicated(res2$ID)|duplicated(res2$ID,fromLast=TRUE))
#[1] FALSE
rownames(res2)<-1:nrow(res2)
head(res2)
# FAMID ID FAID MOID SEX STATUS
#1 1 1 0 0 2 0
#2 1 2 3 1 2 2
#3 1 3 0 0 1 0
#4 1 4 3 1 1 2
#5 1 5 3 1 1 0
#6 1 6 3 1 1 0
A.K.
________________________________
From: Roberta Carriero <robertacar at hotmail.it>
To: smartpink111 at yahoo.com
Sent: Tuesday, October 30, 2012 4:51 AM
Subject: RE: [R] replace repeated id in a pedigree list
You are right! I want to "replace the second 6 with a new ID". For example I have id 6 which is repeated 2 times. In family 1 it appears one time. In family 37 I should replace id 6 with a new id whenever it appears, not only as founder but also as father. It is important to use a new id wich doesn't exist in all the pedigree!
Thank you for help
Regards
Roberta
FAMID ID FA ID MO ID SEX STATUS
> 1 1 0 0 2 0
> 1 2 3 1 2 2
> 1 4 3 1 1 2
> 1 5 3 1 1 0
> 1 6 3 1 1 0
> 1 7 3 1 2 2
> 1 8 3 1 1 0
> 1 9 3 1 1 0
> 1 10 3 1 2 0
> 1 11 3 1 1 0
> 1 3 0 0 1 0
37 277 0 0 2 0
> 37 546 547 548 2 2
> 37 549 547 548 1 2
> 37 550 6 551 1 0
> 37 551 552 553 2 2
> 37 552 554 555 1 0
> 37 556 0 0 2 0
> 37 557 6 551 2 0
> 37 558 6 551 2 2
> 37 559 6 551 1 0
> 37 560 6 551 1 2
> 37 6 0 0 1 0
> 37 554 0 0 1 0
> 37 561 554 562 1 0
> 37 562 0 0 2 0
> 37 555 0 0 2 0
> 37 563 521 558 1 0
> 37 306 0 0 1 0
> 37 521 306 307 1 2
> 37 564 521 558 2 2
> 37 565 521 558 1 2
> 37 307 0 0 2 2
> 37 566 6 551 1 0
> 37 548 6 551 2 2
> 37 567 6 551 2 2
> 37 568 561 556 1 0
> 37 547 568 277 1 0
> 37 553 0 0 2 0
> Date: Mon, 29 Oct 2012 20:23:56 -0700
> From: smartpink111 at yahoo.com
> Subject: Re: [R] replace repeated id in a pedigree list
> To: robertacar at hotmail.it
>
> Hi,
>
> I am a bit confused by this statement
> "I want to replace repeated individual identifiers with new id and to
> replace them not only in id column but also in father and mother id
> columns"
>
> In the dataset, you have repeated identifiers for ID, FAID and MOID.
>
> For eg.
> source("Pedigree.txt")
> head(dat1)
> # FAMID ID FAID MOID SEX STATUS
> #1 1 1 0 0 2 0
> #2 1 2 3 1 2 2
> #3 1 4 3 1 1 2
> #4 1 5 3 1 1 0
> #5 1 6 3 1 1 0
> #6 1 7 3 1 2 2
>
> dat2<-dat1[duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE),]
> dat3<-dat2[order(dat2$ID),]
> head(dat3)
> # FAMID ID FAID MOID SEX STATUS
> #5 1 6 3 1 1 0
> #603 37 6 0 0 1 0
> #17 2 20 0 0 1 0
> #469 29 20 0 0 1 0
> #21 2 24 12 16 1 0
> #533 32 24 0 0 1 0
> dat1$ID[duplicated(dat1$ID)|duplicated(dat1$ID,fromLast=TRUE)]
> # [1] 6 20 24 29 30 31 47 62 63 95 96 99 100 93 101 102 83 105
> #[19] 107 112 113 115 117 108 142 155 146 157 161 96 167 177 105 107 192 108
> #[37] 203 204 113 212 221 228 229 107 236 239 223 155 146 251 157 258 260 257
> #[55] 256 277 279 212 260 83 288 296 251 294 306 303 307 296 328 339 328 342
> #[73] 333 338 345 258 177 257 192 256 382 378 377 167 404 410 203 204 413 113
> #[91] 422 115 426 427 117 411 412 434 435 20 29 449 30 31 450 404 464 479
> #[109] 480 481 413 483 484 434 476 477 47 288 24 506 500 501 339 328 516 294
> #[127] 306 521 303 333 307 516 306 543 545 307 277 6 306 521 307 112 506 500
> #[145] 501 596 598 599 598 62 63 229 236 239 627 619 620 599 638 645 650 651
> #[163] 643 642 646 653 95 99 100 663 93 101 638 674 464 411 645 650 671 412
> #[181] 651 672 646 696 686 685 411 671 378 377 412 672 653 733 435 760 650 651
> #[199] 643 642 686 102 685 221 228 101 223 480 142 481 382 733 596 161 476 477
> #[217] 696 627 674 760 645 650 651 619 646 620 239 410 422 426 427 479 483 484
> #[235] 663 29 449 545 31 450 279 177 342 943 947 192 949 338 345 945 944 177
> #[253] 543 943 947 192 949 945 944 410 333 427
>
> #The same way you can get the repeated FAID and MOID
> dat1$FAID[duplicated(dat1$FAID)|duplicated(dat1$FAID,fromLast=TRUE)]
> dat1$MOID[duplicated(dat1$MOID)|duplicated(dat1$MOID,fromLast=TRUE)]
>
> From the dat3 IDs, you have 6 repeated 2 times. In that case, you want to replace the second 6 with a new ID. Regarding the new ID, will it work if that ID is already present in FAID or MOID?
> A.K.
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
>
> ----- Original Message -----
> From: Roberta Carriero <robertacar at hotmail.it>
> To: r-help at r-project.org
> Cc:
> Sent: Monday, October 29, 2012 2:08 PM
> Subject: [R] replace repeated id in a pedigree list
>
>
> Hello,
> I have a pedigree file such this:
> FAMID ID FA ID MO ID SEX STATUS
> 1 1 0 0 2 0
> 1 2 3 1 2 2
> 1 4 3 1 1 2
> 1 5 3 1 1 0
> 1 6 3 1 1 0
> 1 7 3 1 2 2
> 1 8 3 1 1 0
> 1 9 3 1 1 0
> 1 10 3 1 2 0
> 1 11 3 1 1 0
> 1 3 0 0 1 0
> 2 12 13 14 1 0
> 2 15 12 16 2 0
> 2 17 12 16 1 0
> 2 18 12 16 1 0
> 2 19 12 16 1 0
> 2 20 0 0 1 0
> 2 21 0 0 2 0
> 2 22 12 16 2 2
> 2 23 12 16 1 0
> 2 24 12 16 1 0
> 2 25 12 16 1 0
> 2 26 12 16 2 0
> 2 27 28 21 2 2
> 2 29 0 0 2 0
> 2 14 0 0 2 0
> 2 30 31 29 2 0
> 2 13 31 29 1 0
> 2 31 0 0 1 0
> 2 28 20 30 1 0
> 2 32 28 21 2 2
> 2 16 0 0 2 0
> 3 33 34 35 2 0
> 3 35 0 0 2 0
> 3 36 34 35 1 0
> 3 37 34 35 1 0
> 3 38 34 35 2 0
> 3 39 34 35 1 0
> 3 40 34 35 2 0
> 3 41 34 35 2 0
> 3 42 34 35 2 2
> 3 43 34 35 1 0
> 3 34 0 0 1 0
> 3 44 34 35 2 0
> 3 45 34 35 1 2
> 4 46 47 48 2 2
> 4 49 47 48 1 0
> 4 50 47 48 1 0
> 4 51 47 48 2 0
> 4 47 0 0 1 0
> 4 52 47 48 1 2
> 4 53 47 48 2 2
> 4 48 0 0 2 2
> 4 54 47 48 2 2
> 4 55 47 48 2 2
> 5 56 57 58 1 0
> 5 59 60 61 2 2
> 5 60 62 63 1 2
> 5 62 0 0 1 0
> 5 63 0 0 2 2
> 5 57 0 0 1 0
> 5 64 57 58 1 0
> 5 65 60 61 2 2
> 5 66 57 58 1 0
> 5 67 68 69 2 2
> 5 70 68 69 1 0
> 5 71 68 69 2 2
> 5 68 0 0 1 0
> 5 72 57 58 1 0
> 5 61 57 58 2 2
> 5 73 57 58 1 0
> 5 74 57 58 2 0
> 5 75 60 61 2 2
> 5 76 57 58 1 0
> 5 69 57 58 2 2
> 5 77 57 58 2 2
> 5 78 0 0 1 0
> 5 58 0 0 2 0
> 5 79 78 77 2 2
> 5 80 78 77 2 2
> 5 81 78 77 1 0
> 6 82 83 84 1 0
> 6 85 83 84 1 0
> 6 86 0 0 1 2
> 6 87 86 88 1 0
> 6 89 86 88 1 0
> 6 90 86 88 2 0
> 6 91 86 88 2 2
> 6 92 87 93 2 2
> 6 94 86 88 2 2
> 6 84 0 0 2 0
> 6 95 0 0 2 0
> 6 96 83 84 1 0
> 6 97 83 84 1 0
> 6 98 83 84 2 0
> 6 99 0 0 1 2
> 6 100 99 95 2 0
> 6 93 101 100 2 0
> 6 101 0 0 1 0
> 6 102 83 84 2 0
> 6 88 83 84 2 2
> 6 83 0 0 1 0
> 6 103 83 84 1 0
> 7 104 105 106 1 0
> 7 105 107 108 1 0
> 7 107 0 0 1 0
> 7 109 105 106 2 2
> 7 110 111 112 1 0
> 7 112 0 0 2 2
> 7 113 0 0 2 2
> 7 114 115 116 1 2
> 7 115 117 113 1 0
> 7 118 115 116 1 2
> 7 119 115 116 1 0
> 7 117 0 0 1 2
> 7 108 0 0 2 2
> 7 116 111 112 2 2
> 7 120 111 112 1 0
> 7 106 111 112 2 2
> 7 111 0 0 1 0
> 7 121 105 106 2 2
> 8 122 123 124 2 0
> 8 125 123 124 1 0
> 8 126 123 124 1 0
> 8 127 123 124 1 0
> 8 128 123 124 1 2
> 8 129 123 124 1 0
> 8 130 123 124 1 0
> 8 131 123 124 2 0
> 8 123 0 0 1 0
> 8 124 0 0 2 0
> 8 132 123 124 2 2
> 9 133 134 135 2 0
> 9 136 137 133 1 0
> 9 138 137 133 2 0
> 9 137 139 140 1 0
> 9 141 139 140 1 0
> 9 142 0 0 1 0
> 9 143 137 133 2 2
> 9 144 145 146 2 2
> 9 145 147 148 1 0
> 9 149 145 146 2 0
> 9 150 145 146 2 0
> 9 151 137 133 2 0
> 9 152 137 133 1 0
> 9 153 137 133 1 2
> 9 148 0 0 2 0
> 9 154 137 133 1 0
> 9 155 141 156 2 0
> 9 146 157 155 2 0
> 9 157 0 0 1 0
> 9 158 145 146 1 0
> 9 159 145 146 1 0
> 9 160 0 0 1 0
> 9 161 160 162 2 0
> 9 135 160 162 2 0
> 9 134 0 0 1 0
> 9 162 0 0 2 0
> 9 140 0 0 2 0
> 9 139 0 0 1 0
> 9 156 0 0 2 0
> 9 147 142 161 1 0
> 10 163 96 164 2 2
> 10 165 96 164 1 2
> 10 164 166 167 2 2
> 10 168 166 167 1 0
> 10 169 166 167 1 0
> 10 166 0 0 1 0
> 10 170 166 167 2 0
> 10 96 0 0 1 0
> 10 171 96 164 2 2
> 10 167 0 0 2 2
> 10 172 166 167 2 0
> 10 173 166 167 1 0
> 10 174 166 167 2 0
> 11 175 0 0 2 0
> 11 176 107 108 2 0
> 11 177 0 0 2 0
> 11 178 107 108 2 2
> 11 179 180 181 1 0
> 11 182 183 178 2 0
> 11 184 107 108 1 0
> 11 185 183 178 1 2
> 11 186 180 181 2 2
> 11 187 180 181 1 2
> 11 183 180 181 1 2
> 11 188 183 178 2 2
> 11 105 107 108 1 0
> 11 107 0 0 1 0
> 11 189 0 0 2 0
> 11 190 0 0 2 0
> 11 191 107 108 1 0
> 11 192 193 189 1 0
> 11 194 193 189 1 0
> 11 193 0 0 1 0
> 11 108 195 175 2 2
> 11 196 180 181 1 0
> 11 197 180 181 1 0
> 11 198 180 181 1 0
> 11 199 180 181 2 0
> 11 180 0 0 1 0
> 11 195 192 177 1 0
> 11 181 194 190 2 0
> 12 200 201 202 1 0
> 12 203 0 0 2 0
> 12 204 0 0 1 0
> 12 205 201 202 2 2
> 12 201 0 0 1 0
> 12 206 204 203 2 0
> 12 207 204 203 1 0
> 12 202 204 203 2 2
> 12 113 204 203 2 2
> 12 208 204 203 2 0
> 12 209 204 203 1 0
> 12 210 204 203 1 0
> 13 211 212 213 2 0
> 13 213 0 0 2 0
> 13 214 212 213 1 2
> 13 212 0 0 1 0
> 13 215 212 213 1 0
> 13 216 212 213 2 2
> 13 217 212 213 1 0
> 13 218 212 213 2 0
> 13 219 212 213 1 0
> 13 220 212 213 1 0
> 14 221 0 0 2 0
> 14 222 223 221 1 0
> 14 224 223 221 1 0
> 14 225 223 221 1 0
> 14 226 223 221 1 0
> 14 227 223 221 2 0
> 14 228 223 221 2 0
> 14 229 0 0 2 0
> 14 230 0 0 2 2
> 14 231 223 221 2 0
> 14 232 233 230 1 2
> 14 234 233 230 1 0
> 14 107 223 221 1 0
> 14 235 234 236 2 2
> 14 237 233 230 1 2
> 14 238 234 236 1 0
> 14 236 239 229 2 0
> 14 239 0 0 1 2
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> 63 915 918 919 1 2
> 63 930 918 919 1 0
> 63 931 918 919 2 0
> 63 932 915 916 1 0
> 63 924 0 0 1 0
> 63 925 927 928 2 0
> 63 921 927 928 2 0
> 63 933 924 925 2 0
> 63 934 924 925 2 0
> 63 935 924 925 1 0
> 64 936 937 279 1 0
> 64 938 937 279 1 0
> 64 939 937 279 2 0
> 64 937 0 0 1 0
> 64 279 0 0 2 0
> 64 177 0 0 2 0
> 64 940 937 279 2 2
> 64 342 937 279 2 2
> 64 941 345 342 2 0
> 64 942 345 342 1 0
> 64 943 944 945 2 2
> 64 946 947 948 2 2
> 64 947 949 943 1 2
> 64 950 947 948 2 2
> 64 192 0 0 1 0
> 64 949 192 177 1 0
> 64 338 345 342 2 2
> 64 951 345 342 1 0
> 64 345 0 0 1 0
> 64 952 345 342 2 0
> 64 948 345 342 2 2
> 64 953 345 342 1 0
> 64 945 192 177 2 0
> 64 944 0 0 1 0
> 64 954 345 342 1 2
> 65 955 944 945 2 0
> 65 177 0 0 2 0
> 65 956 949 943 2 0
> 65 957 944 945 2 0
> 65 543 944 945 1 2
> 65 943 944 945 2 2
> 65 958 944 945 1 0
> 65 959 949 943 1 2
> 65 947 949 943 1 2
> 65 192 0 0 1 0
> 65 949 192 177 1 0
> 65 945 192 177 2 0
> 65 960 949 943 1 0
> 65 944 0 0 1 0
> 66 410 0 0 2 0
> 66 961 427 410 2 0
> 66 333 427 410 2 2
> 66 962 427 410 2 0
> 66 427 0 0 1 0
> 66 963 427 410 2 0
> This is only a small portion of my pedigree file. In this pedigree list there are about 400 repeated id; I want to replace repeated individual identifiers with new id and to replace them not only in id column but also in father and mother id columns. I don't want to remove subjects with the same id because they are useful for my heritability analysis. I use kinship package of R and it doesn't create a kinship matrix with repeated id.
> Thank you for help
> Best regards
> Roberta
>
>
> [[alternative HTML version deleted]]
>
> ______________________________________________
> R-help at r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
>
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