[R] ggplot2, geomtile fill assignment

Benjamin Caldwell btcaldwell at berkeley.edu
Thu Feb 21 21:02:42 CET 2013


Dear R help,

I have some readings in three dimensions (x, y, z) and an amplitude for
each. I'd like to visualize the data using ggplot, using tile plots, as I
have some additional point data I would like to eventually overlay on the
tile plots.

I would like to subset the data by sections, slices if you will, in the z
dimension, and plot the data for that slice.

I can do all of this, but am having a largish hangup - ggplot automatically
keys the fill gradient to the data which is assigned the fill aesthetic.
This is a problem for me because I have different ranges of amplitudes for
different depth slices. So, I'm seeing the same color assigned to a
different amplitude for each of my plots.

I would like to assign the colors in the fill gradient to a range that I
specify, not the range that is in the subset of the data, but I don't know
how.

Some example data and code attached.

Thanks

Ben Caldwell

---------------------------------------------

require(ggplot2)

setwd("")

input<-read.table("examplefile.txt", header=TRUE)
str(input)

head(input)

  # X      x      y      z depth amplitude
# 1 1 0.0125 0.0125 -0.025     1       623
# 2 2 0.0125 0.0375 -0.025     1       654
# 3 3 0.0125 0.0625 -0.025     1       685
# 4 4 0.0125 0.0875 -0.025     1      1598
# 5 5 0.0125 0.1125 -0.025     1      2200
# 6 6 0.0125 0.1375 -0.025     1      1917

depths<- with(input, sort(unique(depth)))
depths
# [1] 1 2 3 4

mysubset<-function(input, column.name, expression.to.match){

output <- input[column.name==expression.to.match,]

return(output)
}

sub1 <- mysubset(input, input$depth, depths[1])
sub2 <- mysubset(input, input$depth, depths[2])
sub3 <- mysubset(input, input$depth, depths[3])
sub4 <- mysubset(input, input$depth, depths[4])

p <- ggplot(sub1, aes(x=x,y=y,fill=amplitude))
p + geom_tile() + scale_fill_gradientn("Custom
Colours",colours=c("purple","blue","green","yellow","orange","red"))
# custom colours legend range and assigned colors is different than in the
next plot

p <- ggplot(sub3, aes(x=x,y=y,fill=amplitude))
p + geom_tile() + scale_fill_gradientn("Custom
Colours",colours=c("purple","blue","green","yellow","orange","red"))
-------------- next part --------------
        X      x      y      z depth amplitude
1       1 0.0125 0.0125 -0.025     1       623
2       2 0.0125 0.0375 -0.025     1       654
3       3 0.0125 0.0625 -0.025     1       685
4       4 0.0125 0.0875 -0.025     1      1598
5       5 0.0125 0.1125 -0.025     1      2200
6       6 0.0125 0.1375 -0.025     1      1917
7       7 0.0125 0.1625 -0.025     1      1773
8       8 0.0125 0.1875 -0.025     1       996
9       9 0.0125 0.2125 -0.025     1       925
10     10 0.0125 0.2375 -0.025     1      1934
11     11 0.0125 0.2625 -0.025     1      2454
12     12 0.0125 0.2875 -0.025     1      1651
13     13 0.0125 0.3125 -0.025     1      1741
14     14 0.0125 0.3375 -0.025     1      2920
15     15 0.0125 0.3625 -0.025     1      3408
16     16 0.0125 0.3875 -0.025     1      4186
17     17 0.0125 0.4125 -0.025     1      6326
18     18 0.0125 0.4375 -0.025     1      8374
19     19 0.0125 0.4625 -0.025     1      9355
20     20 0.0125 0.4875 -0.025     1      8879
21     21 0.0125 0.5125 -0.025     1      7570
22     22 0.0125 0.5375 -0.025     1      5920
23     23 0.0125 0.5625 -0.025     1      3967
24     24 0.0125 0.5875 -0.025     1      3444
25     25 0.0125 0.6125 -0.025     1      3551
26     26 0.0125 0.6375 -0.025     1      3657
27     27 0.0125 0.6625 -0.025     1      3764
28     28 0.0125 0.6875 -0.025     1      3871
29     29 0.0125 0.7125 -0.025     1      3978
30     30 0.0125 0.7375 -0.025     1      4085
31     31 0.0125 0.7625 -0.025     1      4192
32     32 0.0125 0.7875 -0.025     1      4269
33     33 0.0125 0.8125 -0.025     1      4346
34     34 0.0125 0.8375 -0.025     1      4423
35     35 0.0125 0.8625 -0.025     1      4500
36     36 0.0125 0.8875 -0.025     1      4577
37     37 0.0125 0.9125 -0.025     1      4655
38     38 0.0125 0.9375 -0.025     1      4732
39     39 0.0125 0.9625 -0.025     1      4809
40     40 0.0125 0.9875 -0.025     1      4886
41     41 0.0125 1.0125 -0.025     1      4964
42     42 0.0125 1.0375 -0.025     1      4595
43     43 0.0125 1.0625 -0.025     1      4226
44     44 0.0125 1.0875 -0.025     1      3857
45     45 0.0125 1.1125 -0.025     1      3488
46     46 0.0125 1.1375 -0.025     1      3139
47     47 0.0125 1.1625 -0.025     1      2750
48     48 0.0125 1.1875 -0.025     1      2381
49     49 0.0125 1.2125 -0.025     1      2012
50     50 0.0125 1.2375 -0.025     1      1643
51     51 0.0125 1.2625 -0.025     1      1275
52     52 0.0125 1.2875 -0.025     1      1425
53     53 0.0125 1.3125 -0.025     1      2410
54     54 0.0125 1.3375 -0.025     1      3074
55     55 0.0125 1.3625 -0.025     1      2885
56     56 0.0125 1.3875 -0.025     1      2304
57     57 0.0125 1.4125 -0.025     1      2976
58     58 0.0125 1.4375 -0.025     1      4540
59     59 0.0125 1.4625 -0.025     1      5836
60     60 0.0125 1.4875 -0.025     1      7113
61     61 0.0125 1.5125 -0.025     1      8345
62     62 0.0125 1.5375 -0.025     1      8703
63     63 0.0125 1.5625 -0.025     1      8250
64     64 0.0125 1.5875 -0.025     1      8007
65     65 0.0125 1.6125 -0.025     1      8078
66     66 0.0125 1.6375 -0.025     1      8507
67     67 0.0125 1.6625 -0.025     1      9287
68     68 0.0125 1.6875 -0.025     1     10367
69     69 0.0125 1.7125 -0.025     1     11639
70     70 0.0125 1.7375 -0.025     1     11914
71     71 0.0125 1.7625 -0.025     1     10880
72     72 0.0125 1.7875 -0.025     1      9107
73     73 0.0125 1.8125 -0.025     1      7483
74     74 0.0125 1.8375 -0.025     1      6957
75     75 0.0125 1.8625 -0.025     1      7092
76     76 0.0125 1.8875 -0.025     1      7615
77     77 0.0125 1.9125 -0.025     1      8018
78     78 0.0125 1.9375 -0.025     1      7967
79     79 0.0125 1.9625 -0.025     1      7980
80     80 0.0125 1.9875 -0.025     1      7379
81     81 0.0125 2.0125 -0.025     1      6708
82     82 0.0125 2.0375 -0.025     1      6341
83     83 0.0125 2.0625 -0.025     1      5375
84     84 0.0125 2.0875 -0.025     1      4812
85     85 0.0125 2.1125 -0.025     1      4683
86     86 0.0125 2.1375 -0.025     1      3903
87     87 0.0125 2.1625 -0.025     1      3104
88     88 0.0125 2.1875 -0.025     1      2531
89     89 0.0125 2.2125 -0.025     1      2826
90     90 0.0125 2.2375 -0.025     1      2863
91     91 0.0125 2.2625 -0.025     1      3335
92     92 0.0125 2.2875 -0.025     1      4363
93     93 0.0125 2.3125 -0.025     1      5096
94     94 0.0125 2.3375 -0.025     1      5855
95     95 0.0125 2.3625 -0.025     1      7178
96     96 0.0125 2.3875 -0.025     1      8455
97     97 0.0125 2.4125 -0.025     1      8848
98     98 0.0125 2.4375 -0.025     1      8184
99     99 0.0125 2.4625 -0.025     1      7284
100   100 0.0125 2.4875 -0.025     1      7317
101   101 0.0125 2.5125 -0.025     1      7915
102   102 0.0125 2.5375 -0.025     1      8416
103   103 0.0125 2.5625 -0.025     1      8822
104   104 0.0125 2.5875 -0.025     1      8928
105   105 0.0125 2.6125 -0.025     1      8512
106   106 0.0125 2.6375 -0.025     1      7944
107   107 0.0125 2.6625 -0.025     1      7992
108   108 0.0125 2.6875 -0.025     1      7674
109   109 0.0125 2.7125 -0.025     1      6894
110   110 0.0125 2.7375 -0.025     1      7095
111   111 0.0125 2.7625 -0.025     1      7439
112   112 0.0125 2.7875 -0.025     1      7486
113   113 0.0125 2.8125 -0.025     1      7839
114   114 0.0125 2.8375 -0.025     1      8463
115   115 0.0125 2.8625 -0.025     1      9119
116   116 0.0125 2.8875 -0.025     1      8838
117   117 0.0125 2.9125 -0.025     1      8312
118   118 0.0125 2.9375 -0.025     1      8724
119   119 0.0125 2.9625 -0.025     1      9066
120   120 0.0125 2.9875 -0.025     1      9008
121   121 0.0125 3.0125 -0.025     1      9028
122   122 0.0125 3.0375 -0.025     1      8772
123   123 0.0125 3.0625 -0.025     1      7760
124   124 0.0125 3.0875 -0.025     1      6847
125   125 0.0125 3.1125 -0.025     1      6389
126   126 0.0125 3.1375 -0.025     1      5764
127   127 0.0125 3.1625 -0.025     1      5226
128   128 0.0125 3.1875 -0.025     1      4820
129   129 0.0125 3.2125 -0.025     1      4137
130   130 0.0125 3.2375 -0.025     1      3704
131   131 0.0125 3.2625 -0.025     1      4576
132   132 0.0125 3.2875 -0.025     1      5782
133   133 0.0125 3.3125 -0.025     1      6030
134   134 0.0125 3.3375 -0.025     1      6158
135   135 0.0125 3.3625 -0.025     1      5374
136   136 0.0125 3.3875 -0.025     1      3982
137   137 0.0125 3.4125 -0.025     1      4020
138   138 0.0125 3.4375 -0.025     1      3287
139   139 0.0125 3.4625 -0.025     1      1930
140   140 0.0125 3.4875 -0.025     1      1340
141   141 0.0375 0.0125 -0.025     1       595
142   142 0.0375 0.0375 -0.025     1       643
143   143 0.0375 0.0625 -0.025     1       691
144   144 0.0375 0.0875 -0.025     1      1999
145   145 0.0375 0.1125 -0.025     1      2591
146   146 0.0375 0.1375 -0.025     1      2195
147   147 0.0375 0.1625 -0.025     1      1877
148   148 0.0375 0.1875 -0.025     1      1077
149   149 0.0375 0.2125 -0.025     1       981
150   150 0.0375 0.2375 -0.025     1      2090
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1830 1830 0.3375 0.2375 -0.025     4      6340
1831 1831 0.3375 0.2625 -0.025     4      7328
1832 1832 0.3375 0.2875 -0.025     4      8163
1833 1833 0.3375 0.3125 -0.025     4      8811
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1931 1931 0.3375 2.7625 -0.025     4     12894
1932 1932 0.3375 2.7875 -0.025     4     13503
1933 1933 0.3375 2.8125 -0.025     4     12880
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1941 1941 0.3375 3.0125 -0.025     4      7845
1942 1942 0.3375 3.0375 -0.025     4      7884
1943 1943 0.3375 3.0625 -0.025     4      7939
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1948 1948 0.3375 3.1875 -0.025     4      4451
1949 1949 0.3375 3.2125 -0.025     4      4351
1950 1950 0.3375 3.2375 -0.025     4      4486
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1953 1953 0.3375 3.3125 -0.025     4      4846
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1955 1955 0.3375 3.3625 -0.025     4      4968
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1957 1957 0.3375 3.4125 -0.025     4      6350
1958 1958 0.3375 3.4375 -0.025     4      5383
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1967 1967 0.3625 0.1625 -0.025     4      4099
1968 1968 0.3625 0.1875 -0.025     4      4548
1969 1969 0.3625 0.2125 -0.025     4      5521
1970 1970 0.3625 0.2375 -0.025     4      7286
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1972 1972 0.3625 0.2875 -0.025     4      8976
1973 1973 0.3625 0.3125 -0.025     4      9598
1974 1974 0.3625 0.3375 -0.025     4      9925
1975 1975 0.3625 0.3625 -0.025     4     10609
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1977 1977 0.3625 0.4125 -0.025     4     12564
1978 1978 0.3625 0.4375 -0.025     4     12876
1979 1979 0.3625 0.4625 -0.025     4     12320
1980 1980 0.3625 0.4875 -0.025     4     11346
1981 1981 0.3625 0.5125 -0.025     4     10653
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1983 1983 0.3625 0.5625 -0.025     4     10697
1984 1984 0.3625 0.5875 -0.025     4     10743
1985 1985 0.3625 0.6125 -0.025     4     10303
1986 1986 0.3625 0.6375 -0.025     4      9751
1987 1987 0.3625 0.6625 -0.025     4      9478
1988 1988 0.3625 0.6875 -0.025     4      9117
1989 1989 0.3625 0.7125 -0.025     4      8675
1990 1990 0.3625 0.7375 -0.025     4      8810
1991 1991 0.3625 0.7625 -0.025     4      9467
1992 1992 0.3625 0.7875 -0.025     4      9746
1993 1993 0.3625 0.8125 -0.025     4      9729
1994 1994 0.3625 0.8375 -0.025     4      9455
1995 1995 0.3625 0.8625 -0.025     4      8316
1996 1996 0.3625 0.8875 -0.025     4      6548
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1998 1998 0.3625 0.9375 -0.025     4      4383
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