[R] how to count "A", "C", "T", "G" in each row in a big data.frame?
William Dunlap
wdunlap at tibco.com
Thu Jan 10 01:14:25 CET 2013
Can you get what you need from the following, where 'd' is your data.frame,
the first four columns of which are irrelevant to this problem?
> dd <- d[,-(1:4)] ; table(rownames(dd)[row(dd)], unlist(dd))
AA AG CC CT GA GG GT TC TG TT
27412 29 10 0 0 13 1 0 0 0 0
27413 0 0 4 9 0 0 0 12 0 28
27414 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53
27415 0 0 53 0 0 0 0 0 0 0
...
27430 46 3 0 0 2 2 0 0 0 0
27431 19 15 0 0 15 4 0 0 0 0
table() is pretty quick.
Bill Dunlap
Spotfire, TIBCO Software
wdunlap tibco.com
> -----Original Message-----
> From: r-help-bounces at r-project.org [mailto:r-help-bounces at r-project.org] On Behalf
> Of Yao He
> Sent: Wednesday, January 09, 2013 4:04 PM
> To: jim holtman
> Cc: R help
> Subject: Re: [R] how to count "A", "C", "T", "G" in each row in a big data.frame?
>
> In fact I want to calculate the gene frequency of each SNP.
>
> The key problems are that:
> 1. my data.frame is large ,about 50,000 rows. So it is so slow to
> split() it by row
>
> 2 .The allele in each SNP (each row) are different.Some are A/G, some
> are G/C. It is a little bit embarrassed for me to handle it.
>
> Thank you for your help
>
> 2013/1/9 jim holtman <jholtman at gmail.com>:
> > forgot the data. this will count the characters; you can add logic
> > with 'table' to count groups
> >
> > ########################
> > x <-
> > structure(list(name = c("Gga_rs10722041", "Gga_rs10722249", "Gga_rs10722565",
> > "Gga_rs10723082", "Gga_rs10723993", "Gga_rs10724555", "Gga_rs10726238",
> > "Gga_rs10726461", "Gga_rs10726774", "Gga_rs10726967", "Gga_rs10727581",
> > "Gga_rs10728004", "Gga_rs10728156", "Gga_rs10728177", "Gga_rs10728373",
> > "Gga_rs10728585", "Gga_rs10729598", "Gga_rs10729643", "Gga_rs10729685",
> > "Gga_rs10729827"), chr = c(7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L,
> > 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L), pos = c(11248993L,
> > 20038370L, 16164457L, 38050527L, 20307106L, 13707090L, 12230458L,
> > 36732967L, 2790856L, 1305785L, 29631963L, 13606593L, 13656397L,
> > 2261611L, 32096703L, 13733153L, 16524147L, 558735L, 12514023L,
> > 3619538L), strand = c("+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
> > "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"),
> > X2353 = c("AA", "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT",
> > "CC", "GG", "AG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA",
> > "GG", "GG"), X2409 = c("AA", "CT", "TT", "CC", "CT", "CC",
> > "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG",
> > "CC", "AA", "AG", "GA"), X2500 = c("GA", "TT", "TT", "CC",
> > "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "GG", "GG", "GT",
> > "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2598 = c("AA", "TT",
> > "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", "AG",
> > "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2610 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> > "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2300 = c("GA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> > "AA", "AG", "TT", "TC", "AA", "TC", "AA", "AG", "AA"), X2507 = c("AG",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2530 = c("AG",
> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> > "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2327 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> > "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2389 = c("AA",
> > "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> > "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2408 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> > "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2463 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2420 = c("GA",
> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> > "GG", "GG", "TG", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2563 = c("GA",
> > "CC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> > "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2462 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> > "GG", "GG", "GT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2292 = c("GA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> > "AA", "GG", "TG", "TC", "AA", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2405 = c("GA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "AG", "GG", "TG", "TT", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2543 = c("AA",
> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GA",
> > "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "GG"), X2557 = c("AG",
> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> > "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2583 = c("GA",
> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> > "GG", "GG", "GG", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2322 = c("AG",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2535 = c("AA",
> > "TC", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> > "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2536 = c("GA",
> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2581 = c("AG",
> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2570 = c("AA",
> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "GG"), X2476 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2534 = c("GA",
> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> > "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2280 = c("AA",
> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> > "AG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2316 = c("AA",
> > "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "AA",
> > "AA", "AG", "TT", "TC", "GG", "CT", "AA", "GG", "GG"), X2339 = c("AA",
> > "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AA",
> > "GG", "GG", "GT", "CT", "GG", "TT", "AA", "AA", "AG"), X2331 = c("AA",
> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2343 = c("AA",
> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2352 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> > "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2293 = c("GA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> > "AA", "GG", "TT", "TC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2338 = c("GA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2449 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> > "AA", "GG", "TT", "CC", "AA", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2296 = c("GA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
> > "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2453 = c("AG",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> > "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "GA"), X2460 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> > "GG", "GG", "TG", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2474 = c("AA",
> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
> > "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2603 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> > "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2282 = c("GA",
> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2313 = c("AG",
> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> > "GA", "GG", "GT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2538 = c("AA",
> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> > "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2522 = c("AG",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AG", "GA"), X2489 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2564 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
> > "GG", "GG", "TT", "CC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2594 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> > "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2274 = c("AA",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2451 = c("AG",
> > "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2321 = c("GG",
> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> > "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2356 = c("AA",
> > "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
> > "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "TT", "AA", "AA", "AA"), X2611 = c("AG",
> > "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> > "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "AG")), .Names = c("name",
> > "chr", "pos", "strand", "X2353", "X2409", "X2500", "X2598", "X2610",
> > "X2300", "X2507", "X2530", "X2327", "X2389", "X2408", "X2463",
> > "X2420", "X2563", "X2462", "X2292", "X2405", "X2543", "X2557",
> > "X2583", "X2322", "X2535", "X2536", "X2581", "X2570", "X2476",
> > "X2534", "X2280", "X2316", "X2339", "X2331", "X2343", "X2352",
> > "X2293", "X2338", "X2449", "X2296", "X2453", "X2460", "X2474",
> > "X2603", "X2282", "X2313", "X2538", "X2522", "X2489", "X2564",
> > "X2594", "X2274", "X2451", "X2321", "X2356", "X2611"), row.names =
> > 27412:27431, class = "data.frame")
> >
> > # create a 'key' of characters in the "X" columns
> > indx <- which(grepl("^X", names(x)))
> >
> > x$key <- apply(x[, indx], 1, paste, collapse = '')
> >
> > # create counts
> > counts <- t(apply(x, 1, function(z){
> > c(A = nchar(gsub("[^A]", '', z['key']))
> > , C = nchar(gsub("[^C]", '', z['key']))
> > , G = nchar(gsub("[^G]", '', z['key']))
> > , T = nchar(gsub("[^T]", '', z['key']))
> > )
> > }))
> >
> > ############# output
> >
> >> counts
> > A.key C.key G.key T.key
> > 27412 81 0 25 0
> > 27413 0 29 0 77
> > 27414 0 0 0 106
> > 27415 0 106 0 0
> > 27416 0 27 0 79
> > 27417 0 106 0 0
> > 27418 0 106 0 0
> > 27419 0 0 0 106
> > 27420 0 106 0 0
> > 27421 10 0 96 0
> > 27422 37 0 69 0
> > 27423 39 0 67 0
> > 27424 4 0 102 0
> > 27425 0 0 20 86
> > 27426 0 65 0 41
> > 27427 40 0 66 0
> > 27428 0 78 0 28
> > 27429 106 0 0 0
> > 27430 97 0 9 0
> > 27431 68 0 38 0
> >
> >
> > On Wed, Jan 9, 2013 at 9:23 AM, Yao He <yao.h.1988 at gmail.com> wrote:
> >> Dear All
> >>
> >> I have a data.frame like that:
> >> structure(list(name = c("Gga_rs10722041", "Gga_rs10722249", "Gga_rs10722565",
> >> "Gga_rs10723082", "Gga_rs10723993", "Gga_rs10724555", "Gga_rs10726238",
> >> "Gga_rs10726461", "Gga_rs10726774", "Gga_rs10726967", "Gga_rs10727581",
> >> "Gga_rs10728004", "Gga_rs10728156", "Gga_rs10728177", "Gga_rs10728373",
> >> "Gga_rs10728585", "Gga_rs10729598", "Gga_rs10729643", "Gga_rs10729685",
> >> "Gga_rs10729827"), chr = c(7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L,
> >> 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L), pos = c(11248993L,
> >> 20038370L, 16164457L, 38050527L, 20307106L, 13707090L, 12230458L,
> >> 36732967L, 2790856L, 1305785L, 29631963L, 13606593L, 13656397L,
> >> 2261611L, 32096703L, 13733153L, 16524147L, 558735L, 12514023L,
> >> 3619538L), strand = c("+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+",
> >> "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+", "+"),
> >> X2353 = c("AA", "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT",
> >> "CC", "GG", "AG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA",
> >> "GG", "GG"), X2409 = c("AA", "CT", "TT", "CC", "CT", "CC",
> >> "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "AG", "AG", "TT", "CC", "AG",
> >> "CC", "AA", "AG", "GA"), X2500 = c("GA", "TT", "TT", "CC",
> >> "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG", "GG", "GG", "GT",
> >> "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2598 = c("AA", "TT",
> >> "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA", "AG",
> >> "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2610 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> >> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2300 = c("GA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> >> "AA", "AG", "TT", "TC", "AA", "TC", "AA", "AG", "AA"), X2507 = c("AG",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2530 = c("AG",
> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> >> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2327 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> >> "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2389 = c("AA",
> >> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> >> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2408 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> >> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2463 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2420 = c("GA",
> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> >> "GG", "GG", "TG", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2563 = c("GA",
> >> "CC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> >> "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2462 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> >> "GG", "GG", "GT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2292 = c("GA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> >> "AA", "GG", "TG", "TC", "AA", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2405 = c("GA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "AG", "GG", "TG", "TT", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2543 = c("AA",
> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GA",
> >> "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "GG"), X2557 = c("AG",
> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> >> "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2583 = c("GA",
> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> >> "GG", "GG", "GG", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2322 = c("AG",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GG", "GG", "GT", "TT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2535 = c("AA",
> >> "TC", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> >> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2536 = c("GA",
> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2581 = c("AG",
> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GA", "GG", "TT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AG"), X2570 = c("AA",
> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GG", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AA", "GG"), X2476 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2534 = c("GA",
> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> >> "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AA"), X2280 = c("AA",
> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> >> "AG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2316 = c("AA",
> >> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "AA",
> >> "AA", "AG", "TT", "TC", "GG", "CT", "AA", "GG", "GG"), X2339 = c("AA",
> >> "CC", "TT", "CC", "CC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AA",
> >> "GG", "GG", "GT", "CT", "GG", "TT", "AA", "AA", "AG"), X2331 = c("AA",
> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2343 = c("AA",
> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2352 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> >> "GG", "GG", "TT", "CC", "GG", "CC", "AA", "GA", "AG"), X2293 = c("GA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GA",
> >> "AA", "GG", "TT", "TC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2338 = c("GA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2449 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> >> "AA", "GG", "TT", "CC", "AA", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2296 = c("GA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
> >> "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2453 = c("AG",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> >> "GA", "GG", "GT", "CT", "GA", "CT", "AA", "AA", "GA"), X2460 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "AG", "GG",
> >> "GG", "GG", "TG", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2474 = c("AA",
> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
> >> "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "TC", "AA", "AA", "GA"), X2603 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> >> "AG", "GG", "TT", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2282 = c("GA",
> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2313 = c("AG",
> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> >> "GA", "GG", "GT", "CC", "GA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2538 = c("AA",
> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> >> "AG", "GG", "TG", "CC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2522 = c("AG",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GA", "GG", "TT", "TC", "GG", "CC", "AA", "AG", "GA"), X2489 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GG", "GG", "GT", "TC", "AG", "CC", "AA", "AA", "AG"), X2564 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "GG",
> >> "GG", "GG", "TT", "CC", "AA", "CT", "AA", "AA", "AA"), X2594 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AA",
> >> "AG", "GG", "TT", "TC", "AG", "TC", "AA", "AA", "AG"), X2274 = c("AA",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2451 = c("AG",
> >> "TT", "TT", "CC", "TT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GG", "GG", "TT", "CT", "GG", "CC", "AA", "AA", "GA"), X2321 = c("GG",
> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "AG",
> >> "AA", "GG", "TT", "TT", "AA", "CC", "AA", "AA", "AA"), X2356 = c("AA",
> >> "TC", "TT", "CC", "TC", "CC", "CC", "TT", "CC", "GA", "AG",
> >> "AG", "GG", "TG", "TC", "AG", "TT", "AA", "AA", "AA"), X2611 = c("AG",
> >> "CT", "TT", "CC", "CT", "CC", "CC", "TT", "CC", "GG", "GG",
> >> "GA", "GG", "TT", "CT", "GA", "TT", "AA", "AA", "AG")), .Names = c("name",
> >> "chr", "pos", "strand", "X2353", "X2409", "X2500", "X2598", "X2610",
> >> "X2300", "X2507", "X2530", "X2327", "X2389", "X2408", "X2463",
> >> "X2420", "X2563", "X2462", "X2292", "X2405", "X2543", "X2557",
> >> "X2583", "X2322", "X2535", "X2536", "X2581", "X2570", "X2476",
> >> "X2534", "X2280", "X2316", "X2339", "X2331", "X2343", "X2352",
> >> "X2293", "X2338", "X2449", "X2296", "X2453", "X2460", "X2474",
> >> "X2603", "X2282", "X2313", "X2538", "X2522", "X2489", "X2564",
> >> "X2594", "X2274", "X2451", "X2321", "X2356", "X2611"), row.names =
> >> 27412:27431, class = "data.frame")
> >>
> >> how to count how many "A","C","T","G" in each row
> >> an example output what I want is like that
> >> A C AA AC CC
> >> 3 5 1 1 2
> >>
> >> Thanks in advance
> >>
> >> Yao He
> >> --
> >> -------------------------
> >> Master candidate in 2rd year
> >> Department of Animal genetics & breeding
> >> Room 436,College of Animial Science&Technology,
> >> China Agriculture University,Beijing,100193
> >> E-mail: yao.h.1988 at gmail.com
> >> --------------------------
> >>
> >> ______________________________________________
> >> R-help at r-project.org mailing list
> >> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> >> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
> >> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
> >
> >
> >
> > --
> > Jim Holtman
> > Data Munger Guru
> >
> > What is the problem that you are trying to solve?
> > Tell me what you want to do, not how you want to do it.
>
>
>
> --
> -------------------------
> Master candidate in 2rd year
> Department of Animal genetics & breeding
> Room 436,College of Animial Science&Technology,
> China Agriculture University,Beijing,100193
> E-mail: yao.h.1988 at gmail.com
> --------------------------
>
> ______________________________________________
> R-help at r-project.org mailing list
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> PLEASE do read the posting guide http://www.R-project.org/posting-guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.
More information about the R-help
mailing list