# [R] Converting CSV file to numeric and calculate ttest

PIKAL Petr petr.pikal at precheza.cz
Thu Sep 3 09:47:51 CEST 2015

```Hi

what is F?

F>2 & F<2
this is FALSE for all values of F

What value you want to extract? All rows corresponding to condition or just values from specific column.

For selection values you can use e.g. [
data(iris)
sel<-iris\$Sepal.Width>4
iris[sel,] or iris[sel, c(1,3,5)]

Cheers
Petr

From: Shawin Karim [mailto:shawinkarim at gmail.com]
Sent: Thursday, September 03, 2015 9:17 AM
To: PIKAL Petr
Subject: Re: [R] Converting CSV file to numeric and calculate ttest

I solve it , thanks  but i have an issue please :

have a csv file and i would like to extract the value of it with specific range fof the last column for example; F>2 & F<2 & P=1, and then write the result to csv file.

the data is :
x1

x2

x3

x4

x5

x6

9.488404

9.470895

9.282434

9.366707

9.955383

9.640816

8.63063

8.558311

8.788391

8.576231

8.671588

8.84298

9.354749

9.367669

9.259953

9.421538

9.554635

9.603745

9.944864

9.950428

10.19102

10.07351

10.0327

10.13079

Fc

p

1.037883

0.320095

1.057708

0.060132

1.065191

0.111192

I tried the code bellow but , it does not work?

c=as.data.frame(FCPval)

for (i in 1:rowN){if (C\$F[i] >= 2 && C\$F[i]<=-2&& C\$p[i]<=3){

dfrmPFC=data.frame(Fc=FC,p=p)}
}

the error is :

Error in C\$FC : object of type 'closure' is not subsettable.

can i  extract the value according to the condition

On Thu, Sep 3, 2015 at 8:14 AM, PIKAL Petr <petr.pikal at precheza.cz<mailto:petr.pikal at precheza.cz>> wrote:
Hi

p value of what? How do you know that it should be 0.3?

Your code is not reproducible, we do not have AT1.csv

AT1 shall be numeric so your reading process is wrong and following conversion to numeric shall be umnnecessary if you read your data properly.

Cheers
Petr

> -----Original Message-----
> From: R-help [mailto:r-help-bounces at r-project.org<mailto:r-help-bounces at r-project.org>] On Behalf Of shawin
> Sent: Wednesday, September 02, 2015 9:08 PM
> To: r-help at r-project.org<mailto:r-help at r-project.org>
> Subject: Re: [R] Converting CSV file to numeric and calculate ttest
>
> p value should be 0.3
>
> On Wed, Sep 2, 2015 at 8:07 PM, Navien [via R] <
> ml-node+s789695n4711770h69 at n4.nabble.com<mailto:ml-node%2Bs789695n4711770h69 at n4.nabble.com>> wrote:
>
> > I have a csv file i convert it to numeric value , then i apply t-test
> > , but t-test result is not correct: please could you guide me. the
> data :
> > ID x1 x2 x3 x4 x5 x6 x7 x8 x9 x10 x11 x12 x13 x14 x15 1367452_at
> > 9.488404158 9.470895414 9.282433728 9.366707445 9.955383045
> > 9.640816474 9.606262272 9.329651027 9.434541611 9.473922432
> > 9.311412966
> > 9.3154885 9.434977488 9.470895414 9.764258059 1367453_at 8.630629966
> > 8.55831075 8.788391003 8.576231135 8.671587906
> > 8.842979993 8.861958856 8.58330436 8.603596508 8.570129609 8.59798922
> > 8.572686772 8.679751791 8.663950953 8.432875347 1367454_at
> 9.354748885
> > 9.367668838 9.259952558 9.421538213 9.554635162
> > 9.603744578 9.452197983 9.284228877 9.404607878 9.317737979
> > 9.343115301
> > 9.310644266 9.27227486 9.360337823 9.44706281 1367455_at 9.944863964
> > 9.950427516 10.19101759 10.07350804 10.03269879
> > 10.1307908 10.03487287 9.74609383 9.886379007 9.775472567 10.036596
> > 9.544738458 9.699611598 9.911962567 9.625804277
> >           AT1 <-
> >  stringsAsFactors=TRUE)
> >
> >
> > str(AT1)
> > matAT = data.frame(AT1[,-1])
> > str(matAT)
> > write.csv(matAT,"matAT.csv",row.names=FALSE)
> > #convert the csv file to numeric
> > matAT<-as.matrix(sapply(matAT,as.numeric))
> > str(matAT)
> > group<-factor(rep(c("Ob","Ln"),times=c(7,8)))
> > t.test(matAT[1,]~group)
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> >
> > ------------------------------
> > discussion
> > below:
> >
> > http://r.789695.n4.nabble.com/Converting-CSV-file-to-numeric-and-
> calcu
> > late-ttest-tp4711770.html To start a new topic under R help, email
> > ml-node+s789695n789696h75 at n4.nabble.com<mailto:ml-node%2Bs789695n789696h75 at n4.nabble.com>
> >
> <http://r.789695.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscr
> >
> ibe_by_code&node=789695&code=c2hhd2lua2FyaW1AZ21haWwuY29tfDc4OTY5NXwtM
> > jQ0MzkwMjQ1>
> > .
> > NAML
> >
> <http://r.789695.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_vi
> >
> ewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces
> > .BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-
> nabble.naml.n
> > amespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-
> nabb
> >
> > bble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-
> send_instant_em
> > ail%21nabble%3Aemail.naml>
> >
>
>
>
>
> --
> View this message in context: http://r.789695.n4.nabble.com/Converting-
> CSV-file-to-numeric-and-calculate-ttest-tp4711770p4711771.html
> Sent from the R help mailing list archive at Nabble.com.
>       [[alternative HTML version deleted]]
>
> ______________________________________________
> R-help at r-project.org<mailto:R-help at r-project.org> mailing list -- To UNSUBSCRIBE and more, see
> https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help
> guide.html
> and provide commented, minimal, self-contained, reproducible code.

________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.

________________________________
Tento e-mail a jakékoliv k němu připojené dokumenty jsou důvěrné a jsou určeny pouze jeho adresátům.
Jestliže jste obdržel(a) tento e-mail omylem, informujte laskavě neprodleně jeho odesílatele. Obsah tohoto emailu i s přílohami a jeho kopie vymažte ze svého systému.
Nejste-li zamýšleným adresátem tohoto emailu, nejste oprávněni tento email jakkoliv užívat, rozšiřovat, kopírovat či zveřejňovat.
Odesílatel e-mailu neodpovídá za eventuální škodu způsobenou modifikacemi či zpožděním přenosu e-mailu.

V případě, že je tento e-mail součástí obchodního jednání:
- vyhrazuje si odesílatel právo ukončit kdykoliv jednání o uzavření smlouvy, a to z jakéhokoliv důvodu i bez uvedení důvodu.
- a obsahuje-li nabídku, je adresát oprávněn nabídku bezodkladně přijmout; Odesílatel tohoto e-mailu (nabídky) vylučuje přijetí nabídky ze strany příjemce s dodatkem či odchylkou.
- trvá odesílatel na tom, že příslušná smlouva je uzavřena teprve výslovným dosažením shody na všech jejích náležitostech.
- odesílatel tohoto emailu informuje, že není oprávněn uzavírat za společnost žádné smlouvy s výjimkou případů, kdy k tomu byl písemně zmocněn nebo písemně pověřen a takové pověření nebo plná moc byly adresátovi tohoto emailu případně osobě, kterou adresát zastupuje, předloženy nebo jejich existence je adresátovi či osobě jím zastoupené známá.

This e-mail and any documents attached to it may be confidential and are intended only for its intended recipients.
If you received this e-mail by mistake, please immediately inform its sender. Delete the contents of this e-mail with all attachments and its copies from your system.
If you are not the intended recipient of this e-mail, you are not authorized to use, disseminate, copy or disclose this e-mail in any manner.
The sender of this e-mail shall not be liable for any possible damage caused by modifications of the e-mail or by delay with transfer of the email.

In case that this e-mail forms part of business dealings:
- the sender reserves the right to end negotiations about entering into a contract in any time, for any reason, and without stating any reasoning.
- if the e-mail contains an offer, the recipient is entitled to immediately accept such offer; The sender of this e-mail (offer) excludes any acceptance of the offer on the part of the recipient containing any amendment or variation.
- the sender insists on that the respective contract is concluded only upon an express mutual agreement on all its aspects.
- the sender of this e-mail informs that he/she is not authorized to enter into any contracts on behalf of the company except for cases in which he/she is expressly authorized to do so in writing, and such authorization or power of attorney is submitted to the recipient or the person represented by the recipient, or the existence of such authorization is known to the recipient of the person represented by the recipient.

[[alternative HTML version deleted]]

```