[BioC] minimum expression level (Simpleaffy)

[Patrícia Luiza Nunes da Costa]

Hi group!

After normalization of expression data, using SimpleAffy, we observed low
fluorescence intensities to every probesets, between 2,15 and 14,6 (mean=
5,78).
What value should I set to minimum expression level?
For Affymetrix experiments, the default here has been set at log2(10), but
I think it seems very stringent to my data, what do you think?

Thanks and regards,
Patrícia



Patrícia Luiza Nunes da Costa
Laboratório de Oncologia Experimental, Grupo de Adesão Celular
Faculdade de Medicina da Universidade de Paulo-FM USP
Av. Dr. Arnaldo, 455 sala 4112
Cerqueira Cesar
Cep 01246-903
Tel: (11) 3061-7486 e (11) 8202-7073




Patrícia Luiza Nunes da Costa
Laboratório de Oncologia Experimental, Grupo de Adesão Celular
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